七月八日，谓门人曰：“吾欲归新州，汝等速理舟楫。”大众哀留甚坚。祖曰：“诸佛出现，犹示涅盘，有来必去，理亦常然。吾此形骸，归必有所。”众曰：“师从此去早晚可回？”祖曰：“叶落归根，来时无口。 ”法云秀云：“非但来时无口，去时亦无鼻孔。”又问曰：“正法眼藏传付何人？”

祖曰：“有道者得，无心者通。”又问：“后莫有难否？”祖曰：“吾灭后五六年，当有一人来取吾首。听吾记曰：头上养亲，口里须餐。遇满之难，杨柳为官。”又曰：“吾去七十年，有二菩萨，从东方一在家一出家，同时兴化，建立吾宗，缔缉伽蓝，昌隆法嗣。”又问佛祖传授次第。祖为详述摩诃迦叶而下，至祖次第。

八月三日，复示众曰：“吾灭度后，莫作世情，悲泣雨泪，受人吊问，身着孝服，非吾弟子，亦非正法。但识自本心，见自本性，无动无静，无生无灭，无去无来，无是无非，无住无往。恐汝等心迷，不会吾意。今再嘱汝，令汝见性。吾灭度后，依此修行，如吾在日。若违吾教，纵吾在世，亦无有益。”复说偈曰：“兀兀不修善，腾腾不造恶。寂寂断见闻，荡荡心无著。”说偈已，端坐至三更，谓门人曰：“吾行矣！”奄然迁化，于时异香满室，白虹属地，林木变白，禽兽哀鸣。

十一月，广韶新三郡官僚，暨门人僧俗争迎真身，莫决所之。乃焚香祷曰：“香烟指处，师所归焉。”时香烟直贯曹溪。十一月十三日，迁神龛，并衣钵归曹溪。次年七月，入塔，门人忆念取首之记，以铁漆固颈入塔，时白光自塔起，上亘天，三日始散。祖春秋七十有六，盖年二十四而传衣，三十九祝发，说法利生三十七载。

开元十年（722）八月有张满者，受新罗僧贿，伪服衰绖为孝子，夜入塔，盗祖首，欲持归供养。守塔者，闻塔中有声起视，满惊逸，而祖颈微有伤处。刺史柳无忝，县令杨侃，共督捕得满。祖弟子令韬谓彼意在供养，且佛教慈悲，冤亲平等。柳守嘉叹，释满不治。

《外纪》云：“ 祖至曹溪宝林，睹堂宇湫隘，不足容众，欲广之，遂谒里人陈亚仙曰：‘ 老僧欲乞檀那一坐具地。’ 亚仙曰：‘ 和尚坐具几许阔？’ 祖以坐具示之。亚仙唯然。祖展坐具，弥布曹溪四境，四天王各现其方。亚仙曰：‘ 和尚法力广大，他日兴造，愿存祖墓，余愿尽舍为宝坊。然此地乃生龙白象来脉，只可平天，不可平地。’ 寺后兴建，一依其言。

先是西国智药三藏，经其地，谓：‘ 林峦泉水，宛如西天宝林，宜建一梵刹。一百七十年后，当有无上法宝，于此演化，得道者如林，宜号宝林。’ 韶州牧侯敬中，表闻建寺，时梁天监三年（504），祖之来适符其记。殿前有潭一所，龙常出没其间。一日现形甚巨，波浪汹涌,云雾阴翳,徒众皆惧。祖曰：‘ 尔能现大身，不能现小身，若为神龙，当能变化，以小现大，以大现小也。’ 其龙忽没，俄顷复现小身，跃出潭面，祖展钵曰：‘ 你且不敢入老僧钵盂里。’ 祖以钵承之，龙伏钵中，不能动，持之上堂，为说法要，龙遂蜕骨而去。其骨长七寸许，首尾角足皆具，留传本寺。”

《林间录》曹溪大师将入涅盘，门人行瑫、超俗、法海等问和尚法何所付。曹溪曰：“ 付嘱者二十年外于此地弘扬。” 又问谁人。答曰：“ 若欲知者，大庾岭上以网取之。” 圭峰立荷泽为正传的付，乃文释之曰：“ 岭者高也。荷泽姓高，故密示之耳。” 欲抑让公为旁出。则曰：“ 让则曹溪门下旁出之泛徒。” 此类数可千余，呜呼！逐鹿者不见山，攫金者不见人，殆非虚言，方密公所见惟荷泽，故诸师不问是非，例皆毁之如“ 大庾岭上以网取之” 之语，是大师末后全提妙旨，而辄以意求。让公僧中之王，而谓之泛徒。详味密公之意，可以发千载之一笑。

又云，老安国师有言曰：《金刚经》云‘应无所住而生其心’，无所住者，不依色不住声，不住迷不住悟，不住体不住用。而生其心者，即一切法而显一心。若住善生心即善现，住恶生心即恶现，本心即隐没。若无所住十方世界惟是一心，信知曹溪大师云：风幡不动是心动。修山主有偈曰：“ 风动心摇树，云生性起尘。若明今日事，昧却本来人。” 幻寄曰：“ 洪师诃密公意求网取，而以义路释风幡，正是徐六喻担板耳，不见修山主道‘若明今日事，昧却本来人’耶？咦！”